Esta es una posible solución que funciona. EL problema estaba en las vocales. Por ejemplo: la b la cambia por be y cuando llega a la letra e vuelve a coger esa be y la cambia por b e. Mi solución ha sido probar sin las vocales y funciona. Otra opción sería colocar las vocales al principio y luego las consonantes.
Saludos,
Andrés Castellano
www.creamiweb.es

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function convertir_a_fonetico($variable_entrante)
{
//$buscar = array('a','b','c','d','e','f','g','h','i','j','k','l','m','n','o','p','q','r','s','t','u','v','w','x','y','z');
$buscar = array('b','c','d','f','g','h','j','k','l','m','n','p','q','r','s','t','v','w','x','y','z');

//$reemplazar = array(' a ',' be ',' ce ',' de ',' e ',' efe ',' ge ',' hache ',' i ',' jota ',' ka ',' ele ',' eme ',' ene ',' o ',' pe ',' cu ',' ere ',' ese ',' te ',' u ',' uve ',' uvedoble ',' equis ',' ye ',' zeta ');
$reemplazar = array(' be ',' ce ',' de ',' efe ',' ge ',' hache ',' jota ',' ka ',' ele ',' eme ',' ene ',' pe ',' cu ',' ere ',' ese ',' te ',' uve ',' uvedoble ',' equis ',' ye ',' zeta ');

$salida = str_replace($buscar,$reemplazar,$variable_entrante);

echo $salida;
}

$entrada = "barcelona";

convertir_a_fonetico($entrada);